菌群移植治療對自閉癥的治療有一定效果，但目前仍處于試驗研究階段，尚未大規模應用于臨床。
菌群移植治療主要是通過將健康的菌群移植到患者體內，從而重建自閉癥患者的腸道內菌群平衡，達到治療疾病的目的。研究發現，腸道菌群與自閉癥的發生是直接或者間接相關的。一組病例報告研究了18名由ADI-R診斷為ASD患者，伴有中度至重度腸道問題的兒童（7-16歲），在進行為期8周的菌群移植FMT治療后，胃腸道癥狀平均減少約80%，便秘、腹瀉、消化不良及ASD癥狀顯著改善，且治療8周后相關癥狀仍然持續改善。
但是，雖然菌群移植治療宣稱安全、無害，但目前尚未報告菌群移植治療的副作用及安全性，缺乏相應的循證證據和理論支持。因此，對于自閉癥的治療，還需要更多的臨床研究和證據來支持菌群移植治療的有效性和安全性。
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