原發性甲狀腺功能減退癥（包括臨床甲減和亞臨床甲減及繼發性甲狀腺功能減退癥），左甲狀腺素（L-T4）的替代治療是最重要的治療方式。治療的起始劑量、調整方法及控制目標都需個體化。
1. 是否需要替代治療
原發性甲減應根據促甲狀腺激素（TSH）水平來決定是否替代質量，替代治療方案是完全替代治療還是部分替代治療：
TSH 顯著升高時，L-T4 使用完全替代劑量；TSH ≤ 10 mU/L 或者患者只有亞臨床甲減，使用較低（部分替代）劑量（25～50 μg/d）。
甲狀腺全切術后需完全替代治療。
繼發性甲減時通常需完全替代治療。
2. 設定控制目標值
TSH 和 FT4 是甲減控制的主要指標。原發性甲減的具體控制目標是這樣設定的：
老年患者：65～70 歲老年人的 TSH 控制在正常范圍，70 歲以上老年人的 TSH 維持在 4～6mIU/L。合并缺血性心臟病者，在治療冠心病基礎上，盡量維持 TSH 達標。
成人患者：控制在參考值正常范圍。
孕婦：維持 TSH 位于妊娠特異性參考范圍的下半部分。如果沒有特異參考范圍，則將 TSH 控制在 2.5mIU/L 以下。
嬰幼兒、兒童青少年：維持 T4 位于參考范圍的中上水平，TSH 位于參考范圍的中下水平。治療開始后大約 2～4 周 T4 應接近正常。
繼發性甲減： TSH 、FT4 應達到正常范圍的中上部分。
3. 替代治療所需劑量
目前推薦根據理想體重（下列體重均為理想體重）計算完全替代治療所需 L-T4 的劑量，肥胖患者不必根據其實際體重提高藥物劑量：
老年患者：需要較低 L-T4 劑量，約 1. 0 μg/kg?d。
成人患者：L-T4 約 1. 6～1. 8 μg/kg?d。
孕婦：若孕前已服用 L-T4，懷孕后需增加 20%-30% 的劑量，或在每周正常劑量中增加 2 天的劑量，每周 2 天的額外劑量要分開服用，中間間隔幾天；孕期診斷的臨床甲減，完全替代劑量約 2.0～2.4 μg/kg?d。
嬰幼兒、兒童青少年：L-T4 需要劑量偏高，新生兒約為 10～15 μg/kg?d；3～12 個月約 6～10 μg/kg?d；1～3 歲約 4～6 μg/kg?d；3～10 歲約 3～5 μg/kg?d；10～16 歲約 2～4 μg/kg?d。
甲狀腺癌術后患者：需要劑量約為 2.2 μg/kg?d，以達到 TSH 抑制治療目的。
另外，甲減病因、合并疾病也會影響替代治療的藥物劑量。
如甲狀腺切除者較橋本甲狀腺炎對 L-T4 需求量大；甲狀腺素結合球蛋白（TBG），甲狀腺素轉運蛋白和白蛋白從尿液中丟失導致了甲狀腺激素的流失，因此甲減患者合并腎病綜合征需要增加 L-T4 的治療劑量。
慢性胃炎可能影響胃內的酸性環境，從而影響 L-T4 吸收，使其需求量增加。
4. 起始劑量
在此步驟，依然按照不同人群確定不同方案。
老年人及合并缺血性心臟病患者：L-T4 起始劑量要悠著點，12.5～25 μg/d 開始。
成人患者：年齡＜50 歲、沒有心臟疾病的中青年患者起始 L-T4 劑量可以給予所需全劑量。年齡＞50 歲需評估心臟功能，通常以 25-50 μg/d 起始。
孕婦：孕期甲減按前述方法加量 L-T4，孕期診斷的臨床甲減可以完全替代治療劑量起始；孕期診斷的亞臨床甲減按 TSH 分層推薦 L-T4 起始劑量：TSH＞2.5mIU/L，25 μg/d 起始；TSH＞8.0mIU/L，75 μg/d 起始；TSH＞10.0mIU/L，100 μg/d 起始。
嬰幼兒、兒童青少年：步子可以邁得大些，為避免影響生長發育，嬰幼兒起始劑量為 10～15 μg/kg?d，如無心肺疾病，兒童青少年以每日 2～2. 5 μg/kg（理想體重）起始 L-T4。
5. 調整劑量及監測
老年人及合并缺血性心臟病患者：需緩慢調整劑量，每 2-4 周增加 12.5～25 μg。
成年患者：年齡＜50 歲，既往無心臟病史的患者加量可以稍快些；年齡＞50 歲患者服用 L-T4 前應常規檢查心臟狀態，加量宜稍慢些，每 1～2 周增加 25 μg。
孕婦、嬰幼兒及兒童青少年：替代治療時應盡快達到有效目標劑量。
治療初期，每 4～6 周需檢測甲狀腺功能，根據甲狀腺功能的變化調整 L-T4 劑量，直至達到治療目標。
