膽結石凌晨三四點疼的原因有以下幾個方面：
1. 夜間機體分泌大量膽汁，儲存在膽囊內，如果伴有結石，結石位置會移動，一旦出現結石嵌頓，患者會出現疼痛。
2. 患者晚餐過飽、飲食油膩，增加胃腸道的消化功能負擔，堅持到凌晨時，胃腸道的代償能力不足以消化食物，就會引起急性炎癥，繼而出現疼痛。
3. 迷走神經興奮也是凌晨膽結石疼痛的原因之一。
4. 生物鐘對膽囊的收縮和膽道的運動有調控作用，膽囊在夜間可能會收縮，特別是凌晨三四點這個時間段，膽囊的收縮可能導致膽結石被推向膽囊的出口或者膽道，從而引起疼痛。
膽結石患者如果反復出現疼痛，建議及時進行治療，手術治療是有效的方式之一。
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