三歲寶寶指甲蓋脫落重新從下面長出新的可能有以下原因：
1. 病毒感染：例如手足口病，會導致指甲營養不良，從而脫落，并在一段時間后長出新的指甲。
2. 缺鈣：導致指甲營養不良，出現上述癥狀。
3. 川崎病：如果指甲脫落現象嚴重，可能是缺乏微量元素引發的川崎病。
4. 外傷：寶寶手指甲被砸傷，導致指甲下面的甲床受到損傷，從而出現指甲脫落的情況。
5. 甲癬：皮膚癬菌侵犯甲板、甲床導致的指甲病變，嚴重時還會導致指甲脫離。
在明確病因后，可以采取相應治療措施。建議家長及時帶孩子去醫院做相關檢查，確認病因后再進行治療。
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