巧克力囊腫可以做微創手術，而且腹腔鏡微創手術是治療巧克力囊腫的首選方法。巧克力囊腫又稱為卵巢子宮內膜異位囊腫，子宮內膜異位囊腫如果需要手術，首選腹腔鏡下微創手術。目前微創手術即腹腔鏡手術開展越來越多，以前需要開腹手術的病人，現在很多都可以通過腹腔鏡下微創手術來進行操作，這樣對病人損傷明顯減少，腹腔內導致術后粘連等并發癥也相應的減少。腹腔鏡微創手術是在腹部打3個洞，每個洞直徑在1cm左右，置入腹腔鏡的器械在腹腔內進行操作。首先要進行人工氣腹把肚子鼓起來，通過顯示器以及操作器械，就可以通過顯示屏來進行手術操作。卵巢的子宮內膜異位囊腫或者叫巧克力囊腫，主要的操作方法把巧克力囊腫的囊皮剝除，把囊內陳舊血液完全吸出，并且把囊壁剝除后，在局部進行止血即可。