胃腸道間質瘤，目前不能依靠抽血進行化驗，目前通過抽血進行腫瘤檢測的這種方法仍停留在基礎研究節段。通過血液內循環腫瘤細胞或循環DNA這些方法，能夠預測胃間質瘤的可能性。目前尚不能應用于臨床，仍處于科研階段。 胃間質瘤診斷主要還是依據普通胃鏡或在普通胃鏡的前提下進行超聲胃鏡或腹部CT檢測，然后在胃鏡下進行活檢取得腫瘤病理學依據，取得病理以后才能依據結果確診。