肛門周圍膿腫一旦明確診斷，治療首選切開引流，簡單的手術治療是在肛門周圍膿腫最明顯的部位切開，將膿液放出，放置引流條，持續對膿液進行引流，是常規應用的治療方式。徹底治療肛周膿腫可能需要在麻醉狀態下，將膿腫切開后進行全面探查，尋找導致膿腫的原發病灶，即膿腔是否與肛門相通，如果相通則需要按照肛瘺進行治療。此外可以對肛周膿腫進行微創治療，即在膿腫腔內置入引流管，由于反復沖洗引流也能夠達到一定效果。上述治療方法目前應用較少，治療效果需要進一步研究。肛周膿腫無論哪種方式均需要手術治療，無論是否形成膿腫，單純應用藥物治療無效，必須手術治療。