肝臟的腫瘤標志物最常用的是AFP甲胎蛋白，其在肝癌、肝炎、肝硬化等肝臟的相關診斷中都會用到。AFP又分為很多不同的型別，如AFP-L3，為AFP的異質體，對診斷肝癌特異性相對較好。 除了AFP之外，還有一些其他消化系統的腫瘤標志物，比如CEA、CA199，也可以用來作為肝癌的輔助指標，這些項目的特異性相對較差，因為其他消化系統，比如胃腸部發生異常，這幾個指標也會升高。這些是肝癌相關的主要指標，還有一些新的腫瘤標志物，比如α-L-巖藻糖苷酶，這些比較少用的腫瘤標志物，也可以在肝癌及肝臟的一些疾病診斷中作為輔助的腫瘤標志物來應用。