兒童腦積水手術的并發癥包括感染因素、梗阻因素。可能由于腦脊液中蛋白沉淀或其它物質沉淀，堵塞分流管使其出現障礙，造成分流管不通暢，或分流管本身泵的運行功能出現異常。比較少見的并發癥也會出現，比如在腹部造成腹膜炎、腸穿孔等。 兒童腦積水的手術方式目前比較成熟，比如腦室腹腔分流的手術，已經應用數十年。并且腦室腹腔分流技術比較先進，產生并發癥的概率并不高，各種數據統計總體概率不會超過10%。