肝膿腫手術總體上風險不是很大，大多數肝膿腫患者是通過超聲或CT引導下進行肝膿腫穿刺引流。這種穿刺引流創傷比較小，有可能出現的風險主要是穿刺部位的出血。而肝膿腫屬于肝臟感染性疾病，很多肝膿腫患者在經過輸液抗生素治療后，感染仍然難以控制，局部膿腔形成液化，特別是較大的肝膿腫則需要進行穿刺引流，穿刺引流可以將膿腫內的膿液引出體外，有利于感染的控制。同時還可以進行細菌培養，確認導致肝膿腫的致病菌，采取針對性藥物，也利于感染控制。有些多房性的肝囊腫，甚至形成了肝臟的炎性假瘤，在這種情況如果無法進行穿刺引流，有必要考慮通過外科手術切除病變累及的肝臟。肝臟切除手術風險則相對較高，同樣存在切除手術中出血、創面滲漏，特別是膽瘺以及腹腔感染，再有對于嚴重的肝病患者，也存在肝切除手術之后肝功能衰竭的風險。