兒童扁桃體肥大的治療主要是盡量減少扁桃體的發炎次數，預防上呼吸道感染，不要讓扁桃體過度肥大。大部分兒童10歲左右，扁桃體能夠逐漸自然萎縮。但如果扁桃體反復發炎或過度肥大，引起打鼾、呼吸道狹窄，就可以考慮手術切除扁桃體。兒童期都會有先天性扁桃體肥大，一般2-3歲以后都會有扁桃體肥大，而且扁桃體有少量的參與人體免疫的功能。10歲左右扁桃體的免疫功能退化，相應的也就會萎縮。但如果扁桃體反復發炎，會造成扁桃體過度肥大，主要表現在打呼嚕，嚴重的可能會造成呼吸暫停。扁桃體反復發炎可能會造成兒童的抵抗力下降，而不是增強免疫力。像這種扁桃體反復發炎、發炎過于頻繁，都可以考慮手術切除扁桃體。扁桃體切除對兒童的免疫系統不會造成過多損失，家長不必過于擔心。