肛瘺的治療以手術治療為主，肛瘺掛線治療也是手術治療，對于肛瘺常采用的手術為肛瘺瘺管切除術和肛瘺切開掛線術，兩種術式無所謂好壞，應根據病人肛瘺的類型來選擇。肛瘺瘺管切除術適用于低位簡單肛瘺，低位肛瘺瘺管不經過肛門括約肌，肛瘺切除時基本不損壞肛門外括約肌，從而不會引起肛門失禁等嚴重并發癥。肛瘺切開掛線術適用于高位復雜肛瘺，術中能夠準確找到肛瘺內口并進行處理，是徹底治療肛瘺手術的關鍵，術后傷口引流通暢，愈合較快，但由于肛瘺切除后對肛門周圍組織損傷較大，容易引起肛門變形、術側疼痛，形成廣泛的疤痕增生等，表現為肛門瘙癢不適。肛瘺掛線術是我國中醫學發明的傳統肛瘺手術治療方法，經過不斷改進，而形成的一種行之有效的治療方法。