掛線治療是治療肛瘺的古老方法，但至今仍然廣泛使用。主要是將皮筋或者絲線，從肛瘺外口穿入，從內口穿出，予以結扎，結扎壓力不同，治療目的有所區別。如果結扎時沒有張力，讓絲線或者皮筋存在瘺管當中，目的主要是引流，常用于因為克隆氏病所導致的肛瘺。最常用的就是有一定壓力、張力的結扎，即實掛線。目的是使線內組織緩慢切割、壞死、離斷。不能一下切開，是因為線內組織當中有肛門括約肌，如果一次性切斷，括約肌會收縮，使肛門控便功能出現下降，括約肌的壓力范圍在肛門口會出現有空缺的地方。因此，要避免出現肛門失禁的情況。但有些情況下就需要采取掛線治療，使肛門括約肌線內組織緩慢離斷，邊離斷邊粘連，比如離斷括約肌與周圍的組織粘連住，不至于回縮回去，就可以有效避免出現大便失禁。掛線治療除了治療肛瘺以外，可能現在也治療肛門狹窄，也可能采取掛線治療。但最常用的就是治療肛瘺，主要用于治療高位肛瘺，即瘺管涉及到肛門括約肌，掛線治療是經常采用的有效治療方法。