全飛秒激光近視手術為目前較安全激光矯正近視的方式，因為全飛秒激光手術過程短、較為精確，使術后發生后遺癥可能性降到較低。但既然為手術，便存在發生一定并發癥的可能，臨床上較多見的后遺癥為術后干眼、角膜知覺減退，均由術中對角膜神經切削所導致。通常通過休息、點用人工淚液，便可逐漸恢復。對于全飛秒激光近視眼手術而言，術后同樣可能發生欠矯、過矯或視力下降的可能，均需進行相應處理。此外對于全飛秒激光手術而言，還可能發生角膜沉淀、混濁、炎癥，均需對癥進行相應處理。還可能發生夜視力不良或夜間眩光現象，也需恢復一段時間后，逐步進行處理，使癥狀逐步好轉。同時術后不適合行二次手術，否則可能會為后期并發癥處理帶來問題。總體而言上述所列舉的后遺癥發生幾率均較低，該手術屬于較安全的近視眼手術。