目前全飛秒激光近視手術是一種堪稱完美的近視矯正手術，其安全性、有效性和可預測性均逐漸受到認可，但既然是手術，不可避免會有風險或產生后遺癥，其主要的后遺癥具體如下：1、術后干眼：角膜激光手術需要在角膜上操作，盡管不需要做角膜瓣，但也是在角膜基質層進行透鏡制作，即切削角膜基質層，會切斷和干擾角膜的神經纖維末梢，間接影響淚液的產生和分泌，因此造成術后干眼；2、屈光回退：高度近視患者認為手術可以一勞永逸，術后不注重保護眼睛，造成眼軸持續增長，數年后會發生屈光回退，出現近視度數，該情況也經常發生；3、感染：手術都有感染的風險，盡管目前手術醫生已經將感染控制得很好，幾率較低，但有存在可能性；4、術后角膜云翳或斑翳：由于切削角膜基質層，部分過度敏感，導致膠原重新排列。