幽門螺桿菌吃藥后復查還是陽性，提示第一次根除失敗。若患者存在明確的根除指征，如胃鏡下發現明顯的萎縮、腸化、糜爛或異性增生等病變，或患者存在胃癌家族史或消化不良等癥狀，則必須將幽門螺桿菌根除。 在第二次根除時，患者需更換用藥，待細菌恢復活力后再殺滅的效果更好。 此時患者需更換對細菌更敏感的抗生素以及抑制胃酸的質子泵抑制劑，并且可適當延長服藥的間隔時間。 若患者第二次殺菌效果仍不理想，可以進行幽門螺桿菌藥敏檢測，明確存在更好殺菌效果的藥物再進行治療。