幽門螺桿菌陽性的治療方案主要有三聯、四聯療法以及序貫療法，這是國際通行的西藥標準治療方法，主要包含了兩種抗生素以及胃黏膜保護劑和抑酸藥。一般在餐前要服用奧美拉唑或雷貝拉唑，以及枸櫞酸鉍鉀這類藥物，而餐后使用阿莫西林以及克拉霉素等抗生素進行治療。經過14天的治療，一般可以根除疾病。隨著耐藥菌的增加，近些年來也可以使用替硝唑等其他的硝唑類以及頭孢類藥物，根據耐藥菌的選擇可以對幽門螺桿菌陽性進行根除。如果患者對青霉素過敏，還可以選用其他類藥物，包括呋喃唑酮等。此外，中藥對于幽門螺桿菌感染也有一定功效，但主要作用不是根除幽門螺桿菌，而是改善內環境。