微生物學已確診肺炎支原體陽性肺炎患者，一線治療首選大環內酯類藥物，如阿奇霉素等或使用針對呼吸系統感染的喹諾酮類藥物。對于患者呼吸道外的癥狀，其診斷及治療方法需通過臨床表現、受累部位、是否具有抗生素耐藥性及是否伴隨呼吸道感染決定，但以抗生素治療為主。 此外，肺炎支原體陽性患者的部分非呼吸道表現由免疫介導，患者可使用糖皮質激素或靜脈注射免疫球蛋白等進行輔助性治療。