跑步時腎區疼痛常見原因具體如下：1、骨科因素：內臟疼痛定位不準確，若疼痛與某種姿勢或活動相關，更懷疑為骨科因素所致。患者腰椎或局部腰肌出現問題時，也會引起腰背部疼痛，如向某方向彎腰或劇烈運動時，患者可感覺腰部不適；2、結石：較常見，存在腎臟或輸尿管上段等泌尿系統結石的患者，跑步時結石位置可能發生改變，此時可能產生局部腎積水，影響尿液排出，出現較明顯疼痛感。患者出現腰背部疼痛時需要到醫院進行全面檢查，如進行B超等檢查，明確是否有結石等病變。此外，建議患者針對具體病情，可能需要到骨科或其他相應科室進行進一步排查。