跑步時腎疼的原因包括內臟下垂癥和泌尿系結石，具體情況如下：1、內臟下垂癥：較為少見，內臟下垂癥多見于身材比較纖瘦的男士和女士，在做平片測量時，可以發現患者的腎臟比正常人多下垂5-10cm，所以跑步時易產生腎區的疼痛。這時先建議增肥，增多內臟脂肪，可以托住腎臟，然后加強肌肉的鍛煉。如果效果并不理想，可以服用補中益氣丸，必要時可以做手術治療；2、泌尿系結石：較為常見，泌尿系結石是臨床的常見病，結石出現時，小結石隨著跑步運動容易到達輸尿管部，而輸尿管里存在異物則會增強收縮，擠走結石。在上述過程中容易產生較為強烈的腎臟疼痛，此時建議進行CT平掃，能夠較清楚地看到結石的位置、大小、形態，然后決定下一步的治療策略。