肝門部膽管腫瘤，尤其是惡性的肝門部膽管癌，后期主要有以下癥狀：1、疼痛：腫瘤會變得比較大，可能在正中腹可以觸及到腫大的腫瘤，病人的疼痛會比較明顯；2、黃疸：腫瘤占據肝門部以后，可能會完全堵塞膽管的通路，膽汁會長期瘀滯在肝膽內。病人會出現非常嚴重的黃疸，皮膚、鞏膜黃染，小便顏色非常的深；3、肝硬化：長期淤膽以后，肝臟功能會嚴重受損，會出現膽汁瘀滯性的肝硬化，病人會出現一系列肝硬化的表現，比如大量的腹水、嘔血、黑便、嚴重消瘦、四肢浮腫，這都是肝硬化所引起的一系列癥狀；4、消化道癥狀：肝門部的膽管癌可能還會侵犯鄰近的臟器，比如侵犯胃、十二指腸，病人會出現消化道梗阻，不能夠進食、惡心、嘔吐，所有食物可能都會吐出來，還有消化液。如果侵犯結腸后，還會出現大便不通、大便沒辦法通過結腸，整個腹脹非常明顯，甚至出現腫瘤破潰，大便流入腸腔內，誘發嚴重的腹膜炎表現；5、其他：腫瘤還可以播散到身上的其他器官，比如播散到骨頭出現病理性骨折。如果散播到腰椎，轉移到腰椎以后，可能還會引起病人的癱瘓等一系列轉移的相關并發癥。