出現肝功能的異常時通常有肝組織的損傷，肝組織損傷先表現出的是肝功能異常，如轉氨酶升高、膽紅素的升高。肝細胞的長期損傷后，會出現肝組織內炎癥的改變，即為肝炎，但肝炎并不一定都是病毒性肝炎，其他原因同樣也可以導致肝組織的炎癥。有肝組織的炎癥便會有纖維化，而纖維化是進展性病變，隨著肝纖維化程度越來越重，便會逐漸發展為肝硬化。但由于每個人的病因不同身體情況也不同，進展的程度也不同。有的人可能肝功不正常一直都進展到肝硬化，但是有人2-3年便會進展到肝硬化。所以如果肝功能異常沒有經過有效的治療，病人進展到肝硬化甚至失代償性肝硬化，甚至是進展到肝癌。所以肝功能異常的惡性后果，是終末期肝病的結果。