尿道下裂是先天畸形，發病原因不明。患兒先天性畸形發育過程主要與內分泌系統有關，男孩、女孩發育不同。男童陰莖發育需要雄激素，正常兒童的內分泌系統包括大腦下丘腦、垂體以及雄性激素下的內分泌軸，如果這個系統出現問題，會影響陰莖的發育。 如果胚胎在媽媽肚子里，胚胎發育的微環境對其也有影響，比如媽媽用雌激素類藥物。如果尿道下裂的患兒基因有問題，某些基因位點跟尿道下裂也有關系。