尿道下裂術后常見并發癥包括一般并發癥，比如泌尿系感染，局部傷口出血、感染和全身表現，比如發熱。這些并發癥一般通過對癥處理就可解決，比如抗感染治療、局部傷口定期換藥。還有特殊并發癥，包括尿道皮膚瘺、尿道狹窄和尿道擴張，也稱為尿道憩室。尿皮膚瘺是尿道成形術后最常見合并癥，大部分尿道瘺在手術后第一次排尿時就會出現，也有出現比較晚的瘺。一般發現尿道瘺后不需急于處理，因早期出現瘺仍可自行愈合。 如需手術修補瘺口，一般建議術后1年以上，這時局部皮膚瘢痕軟化，血液供應重建后可再行修復。尿道狹窄多發生在陰莖頭段尿道。還有吻合口處。術后3個月內，早期狹窄可通過尿道擴張解決，如果沒有效果，可能需手術進行局部尿道造瘺，或切開狹窄段尿道，一年后再行尿道瘺修補或尿道成形術。尿道擴張出現原因，大多繼發尿道狹窄或近端尿道擴張。如果對繼發尿道狹窄小憩室狀擴張，解除狹窄后大部分患兒可好轉，而較大憩室狀尿道擴張應先消除病因，比如狹窄，在裁減憩室并再次澄清尿道后，憩室基本可解決。