腸系膜淋巴結發炎，治療相對復雜，在炎癥治療前應先針對原發性病灶進行治療。因為腸系膜淋巴結發炎，通常因為胃腸道被細菌感染，細菌突破腸道的黏膜，進入黏膜下層、肌層，引起腸壁肌層的感染。細菌入血后，被腸系膜淋巴結所攔截，從而引起腸系膜淋巴結炎。若患者因為感染性腹瀉引起的腸系膜淋巴結炎，則應先查明致病菌的種類，選擇使用抗生素的方法，如口服、靜脈輸注等。若患者因腸梗阻，即腸腔內的食物滯留時間過長導致的感染，應先通過各種方法治療腸梗阻，如灌腸、禁食、禁水、胃腸減壓，以及必要時進行手術。原發病因得到治療后，腸系膜淋巴結炎才可得到有效的治療。腸系膜淋巴結炎作為一種炎癥反應，使用抗生素是很重要的治療方法，但是一定要在原發病得到控制時，進行治療。