消化系統的病三分靠治，三分靠養。治療腸細膜淋巴結炎，讓患者清淡飲食，甚至要求禁食，讓腸道、消化道休息一段時間。還有一些對癥支持治療和抗生素治療，同時給予調節腸道菌群的藥，這是西醫治療。 部分醫院會采取中醫特色治療，采用隔物灸、穴位貼敷也可以達到很好的效果。有時采取清熱解毒、清腸的治療，清熱涼血的輔助中藥也可以取得良好的療效。