子宮內膜薄有多種原因，具體如下：1、功能異常：如果是下丘腦、垂體、卵巢功能異常，導致子宮內膜增生比較差，會導致子宮內膜變薄；2、子宮內膜基底層遭到破壞：宮腔操作、反復人流，或器質性疾病如結核等，會導致子宮內膜變薄，主要是由于子宮內膜基底層遭到破壞不能再生，無論使用藥物還是等待，都不能使子宮內膜變厚；3、宮腔粘連：宮腔粘連時粘連部分基底膜已經遭受破壞，即便分離粘連，宮腔沒有再發生粘連，此處子宮內膜也不能變厚。因此一旦出現子宮內膜變薄，要了解子宮腔有沒有器質性病變、有沒有多次宮腔操作病史，同時還要了解下丘腦、垂體以及卵巢的功能情況。