真菌性鼻竇炎很少人能夠自愈。真菌性鼻竇炎分為急性侵襲性真菌性鼻竇炎和非急性侵襲性真菌性鼻竇炎，急性侵襲性真菌性鼻竇炎多發生于糖尿病酮癥、器官移植的病人，或是免疫疾病需要長期激素治療等，病人免疫力低下，通常起病非常急。病人伴有高熱、鼻腔壞死，以及眼球腫脹、移位、失明，同時伴有顱內感染，可以在數日內導致死亡。病人的治療要迅速，通常給予抗真菌的藥物進行治療的同時，可以進行鼻腔的手術治療，以挽救部分人的生命。非急性侵襲性的真菌性鼻竇炎，在CT上可以見到典型表現，病人可以沒有任何癥狀，也可以出現一側有膿鼻涕、有臭味、有頭疼等癥狀。治療上需要在鼻竇內窺鏡下行鼻竇開放，將鼻腔內全部霉菌團塊清理干凈，術后要用激素類噴鼻劑進行噴鼻，來控制炎癥。