真菌性鼻竇炎分兩大類，包括非侵襲性和侵襲性。每一種類型做手術后處理都不完全相同，比如真菌球做手術以后注意定期復查、預防感冒、合理飲食、注意生活規律，手術后效果好，復發率低。 若患者是變應性真菌性鼻竇炎，做手術后得長期使用鼻用激素，甚至短期口服激素，因為不但有真菌因素，還有變態反應因素，需抗過敏治療，包括鼻腔沖洗、長期隨訪與觀察，保證變應性真菌性鼻竇炎手術后療效。需注意通過這些注意不能阻止復發，因為病變本身決定復發性。 另外一大類是侵襲性真菌性鼻竇炎，不管是慢性還是急性，手術后一定要抗真菌藥物治療，而且最重要的是想方設法的提高免疫力，因為侵襲性真菌性鼻竇炎發病原因是免疫力功能低下，若免疫功能不提高，手術后效果不佳，不能控制癥狀，更不能防止復發。