鼻咽癌放療副作用主要包括急性反應、遠期并發癥。急性反應主要為急性黏膜炎、皮膚炎，一般照光1-2周出現輕度黏膜充血；3-4周表現白膜滲出；5-6周后出現淺潰瘍或深度潰瘍。 腮腺炎可于放療1-3天內出現，主要為腮腺紅腫發熱，因放療后導致腮腺導管閉塞，使腮腺分泌功能受損或唾液排泄不暢形成。常規處理方法為消炎藥加激素對癥處理。 部分患者出現味覺改變，照光1-2周后出現味覺障礙，對甜、咸、苦味敏感度下降。單一味覺或3-4周后味覺全部消失，導致食欲減退。后期并發癥包括口干、頸部纖維化、腦干損傷、內分泌失調等。