大部分結腸炎都能治愈，根據發病情況可以分為急性和慢性結腸炎。急性結腸炎多為細菌性和缺血性，給予抗感染、修復黏膜、補液、改善循環等治療后很快可以治愈。慢性結腸炎多為潰瘍性結腸炎，需要長期服藥，大多數都能維持臨床緩解。少數患者反復發作，采用激素、生物制劑誘導緩解后可以長期服藥，維持臨床緩解。出現嚴重并發癥例如中毒性巨結腸、大出血、穿孔、癌變需要手術治療，不及時給予有效治療可能危及患者生命。 部分患者長期腹瀉或便秘、腹痛癥狀反復，但腸鏡檢查無明顯異常，其它檢查力例如腹部CT、血糖、甲狀腺功能等檢查均正常屬于腸易激綜合征，不能診斷為慢性結腸炎。可以采用調節腸道動力、調節腸道菌群、改善焦慮情緒等對癥治療。