斷肢再植術后的并發癥有很多，如術后肝腎功能衰竭、脂肪栓塞、大出血、低蛋白血癥、電解質的紊亂及傷口的感染、骨折不愈合、骨不連，肌腱粘連，神經肌肉的萎縮等一系列并發癥。但前期最主要的并發癥是因為吻合血管后大量肌肉組織壞死、崩解后，引起的急性腎功能衰竭。如出現較大的并發癥，危及全身、危及生命需要立即行肢體解脫術，術后如果感染予以加強換藥有效的抗生素治療，骨不連術后待肢體穩定后行植骨手術等治療，肌腱的粘連術后予以督促患者行手部功能的鍛煉。如3-6個月無法緩解，可行肌腱粘連松解術，神經的損傷可以術后行高壓氧，口服營養神經藥，盡可能讓神經得以恢復。