斷肢再植術后一般不會出現持續性疼痛，一般疼痛集中在前7天，疼痛主要是傷口性疼痛，是因為感染引起的疼痛。如果是傷口疼痛，可以術后運用鎮痛藥物的治療，感染應加強換藥，拆除部分縫線引流等方式予以緩解。術后長時間存在疼痛有可能是因為是缺血性的疼痛，是因為神經損傷和假性神經瘤的形成而引起。如果是因為缺血性痙攣引起的疼痛，術后予以保暖等治療。因神經損傷及假性動脈瘤引起的疼痛，可以手術切除假性動脈瘤，神經損傷可以予以神經藥物、營養藥物的支持治療，或中醫的針灸、物理、藥物熏蒸等治療緩解疼痛。