治療念珠菌感染最好的藥物，還要看是何種念珠菌感染，另外還要結合感染部位，具體如下：1、白色念珠菌：一般會首選氟康唑、伊曲康唑、伏立康唑，這些藥物對白色念珠菌都有比較好的效果。一般首選氟康唑，副作用相對比較少。針對不同部位的感染，如口腔白色念珠菌感染，應用制霉菌素片劑局部涂抹治療，效果會比較好。如果是腸道的白色念珠菌感染，用制霉菌素口服，效果也比較好；2、光滑念珠菌或克柔念珠菌：不能首選氟康唑，因為耐藥率比較高，一般也不會選擇伊曲康唑，因為有交叉的耐藥，伏立康唑通常也會對于這兩種細菌產生耐藥，因為其本身存在交叉耐藥的問題。如果是光滑念珠菌或克柔念珠菌感染，一般選擇棘白菌素類藥物，可以應用米卡芬凈，也可以用卡泊芬凈，另外還可以應用兩性霉素B聯合氟胞嘧啶來治療；3、近平滑念珠菌：對棘白菌素類會出現耐藥，就不能夠應用棘白菌素類藥物，可以選擇氟康唑，也可以應用伊曲康唑。