理論上當免疫系統足夠強大，能夠殺滅足部的病毒時，跖疣有可能自愈，但很少見。跖疣本質上是HPV病毒，即人乳頭瘤病毒感染所導致的皮膚損害，與免疫系統之間存在平衡關系，當病毒較強時，就會導致損傷，當機體免疫功能更強時，則可能有自愈的可能。但是在臨床實踐中，大部分跖疣患者需要通過治療來得到好轉，最常用冷凍療法，即利用液氮的超低溫將局部的細胞和病毒一起殺死，才能夠得到徹底治愈的效果。冷凍治療的治愈率較高，大部分都在90%或者95%以上。如果患者不愿意做冷凍治療，也可以嘗試藥物治療，但有效率較低。