3歲兒童指甲分層的原因包括外傷和微量元素缺乏等，具體如下：1、外傷：是最常見的原因，3歲正是兒童對外界好奇的階段，此時自身保護能力相對較差，可能在觸摸外界物體時，引起指甲受傷，在隨后發育過程中出現指甲分層現象；2、微量元素缺乏：若兒童頻繁出現或多個指甲經常出現分層時，需注意營養問題，如維生素、微量元素缺乏或缺乏蛋白質的營養不良，均可能引起指甲分層；3、局部疾病：如真菌感染的手癬，會造成兒童局部指甲受損，出現分層現象；4、全身性疾病：如手足口病或猩紅熱，后期感染結束后，亦可出現指甲分層現象，但通常有前期病史，相對容易被發現。