通常全飛秒激光是比半飛秒激光更安全的治療近視眼手術，在臨床上應用全飛秒激光，也是目前更為新興的治療近視眼方法。全飛秒激光手術是通過飛秒激光，在角膜內磨制一個鏡片，然后通過只有2mm的切口，將鏡片取出，相當于把眼鏡片裝到角膜上。切口較小不易發生感染，且不損傷角膜上皮神經，因此安全性較高，術后發生干眼和其他并發癥的幾率也較低。同時全飛秒激光還可使術后的視覺質量，得到進一步的提升。而半飛秒激光是通過飛秒激光切削一個角膜瓣，然后在角膜瓣下通過準分子激光，磨削度數，手術后再將角膜瓣覆蓋回去。由于相對切口比較大，并且切削到角膜神經，因此無論是術后干眼還是感染的發生率，通常都相對偏高。