一般全飛秒手術優于半飛秒手術，因為全飛秒激光不用制作角膜瓣，不易發生瓣的復位不良、瓣下混濁，且切口較小，不易發生感染。此外全飛秒激光為全程使用，飛秒激光切削較精準，對眼表的損傷較小，術后視力恢復較快。但全飛秒激光價格較昂貴，在患者的接受度上還需一定普及。全飛秒激光，又稱為飛秒激光小切口角膜基質透鏡取出術，手術全程使用飛秒激光在角膜的基質層磨制透鏡，再通過2mm左右的小切口取出鏡片，從而改變角膜的屈光狀態，使患者裸眼視力提升。而半飛秒激光結合飛秒激光和準分子激光，先用半飛秒激光，即用飛秒激光制作角膜瓣，在瓣下通過準分子激光進行切削磨制，從而改變角膜的屈光狀態。