新生兒支氣管炎的原因主要是細菌感染。根據新生兒出生時間的長短不同，感染的病因也不同。如果是早期的新生兒，比如10天以內的新生兒，感染支氣管炎一般與分娩過程有關，此時感染主要的病因是母體帶有細菌傳染給新生兒，常見主要是大腸桿菌，比如大腸埃希菌、大腸桿菌，還有鏈球菌，是導致早期新生兒支氣管炎的常見病因。如果是新生兒在10-20天患有支氣管炎，則可能與外界病原體入侵有關，常見的細菌是肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌，是新生兒支氣管炎常見的病因。因此，根據出生后日齡的不同，感染的病因也不同。支氣管炎除細菌感染之外，還有其他常見病因，比如支原體、衣原體感染。若母親有衣原體感染，也可以通過產道感染新生兒的支氣管，從而導致支氣管炎的發生。