甲硝唑和阿莫西林屬于抗菌藥物，從藥物代謝的角度而言，甲硝唑和阿莫西林可以同時服用，沒有代謝方面沖突，兩種藥物可能存在以下區別：1、臨床效果：甲硝唑主要對厭氧菌有比較好的抗菌作用，對滴蟲、阿米巴蟲也具有一定殺滅功效，阿莫西林主要對于細菌感染具有明顯抗菌作用。如果患者是感染性疾病，有需氧細菌感染，伴厭氧菌感染時，可能需要同時使用上述兩種藥品。在根除幽門螺桿菌時，可能也會同時使用這兩種藥物；2、不良反應：如果臨床確實需要同時使用，要注意甲硝唑和阿莫西林的不良反應，兩種藥物可能會導致胃腸道癥狀。特別是甲硝唑，建議飯后服用，可以緩解胃腸道反應。甲硝唑和阿莫西林具有抗菌作用，臨床上如果確實需要同時使用兩種藥物，要注意監護相應的不良反應。