阿莫西林和甲硝唑，均具有抗菌作用，通常可以同時服用。藥物代謝角度分析，二者沒有沖突。但阿莫西林與甲硝唑抗菌作用有所區別。阿莫西林屬于青霉素類藥品，具有廣譜抗菌作用，對革蘭氏陽性菌、革蘭氏陰性菌均具有一定抗菌活性。甲硝唑主要對厭氧菌具有抗菌效果，尤其對厭氧菌導致的感染，具有明顯抗菌活性。阿莫西林和甲硝唑同時使用，可協同治療。感染幽門螺桿菌， 需將阿莫西林和甲硝唑同時服用，可根除幽門螺桿菌。雖然兩種藥物能同時服用，但是否有必要同時服用，應嚴格遵照醫囑。通常只有某些特殊感染或臨床有必要聯合使用抗菌藥物時，才會同時使用兩種藥品。