回腸末端潰瘍自愈可能性較小，具體需取決于引起回腸末端潰瘍的疾病。特別淺表的潰瘍可能會自愈，但不常見，應積極配合治療。回腸末端潰瘍多是特殊類型疾病的表現，比如腸結核、克羅恩病或者潰瘍性結腸炎，可在腸鏡下發現。 治療應根據具體病情判斷，如結核造成回腸末端潰瘍，需要抗結核治療；如果是潰瘍性結腸炎和克羅恩病造成，可針對潰瘍性結腸炎和克羅恩病進行治療；部分患者并非特殊類型腸炎，建議患者改善飲食習慣，少吃生冷、刺激食物，需忌煙酒。另外，可以用胃腸道黏膜保護劑，比如用腸道菌群調節劑改善胃腸功能，提高胃腸道黏膜免疫力，以達到潰瘍愈合。