回腸末端潰瘍的治療是以藥物為主，但是主要考慮針對培養的病因進行相應的治療。回腸末端的潰瘍，一般是在腸鏡底下發現，常見檢查一般是整個大腸，但是往往會進到小腸末端，也就是回腸末端的位置，看到有一個潰瘍性的病變。潰瘍是比較深的一些病變，潰瘍有不同的原因，是有良性的、有惡性的，良性潰瘍也由不同的炎癥性的疾病引起。如果是惡性潰瘍，可能需要做手術治療，甚至是化療。如果良性潰瘍，要根據病因，是克羅恩病，還是腸結核，還是小腸的其他的一些炎癥性的疾病，不同原因引起的潰瘍，要進行不同的治療。如果是克羅恩病，要用一些激素、免疫抑制劑治療，腸結核就用抗結核的藥物去進行治療，非特異性的一些潰瘍，可能只需要用一些益生菌、腸黏膜保護劑進行治療。在治療以后，也要記著定期復查，復查的時候做一下腸鏡，看一看末端有無病變。另外有些如果是多發的回腸潰瘍，然后醫生可能會根據病情進行判斷，要考慮除了回腸末端以外，其他的地方是否會有不一樣，有時候會建議做膠囊胃鏡，還有胃鏡等檢查，而且判斷其他地方的病變要根據病情去決定。