C3腎小球腎炎較為少見，目前針對C3腎小球腎炎無特殊有效治療手段，臨床更多采用保守治療手段，有時采取血漿置換、應用激素或免疫抑制劑以及生物制劑治療等。保守治療主要告誡患者低鹽飲食，注意休息避免熬夜，應用血管緊張素轉化酶抑制劑，例如馬來酸依那普利、福辛普利類，或應用血管緊張素Ⅱ受體拮抗劑，如纈沙坦，幫助腎臟改善血流，減少蛋白尿控制血壓從而達到延緩腎功能不全的進展。 如果患者合并高脂血癥需積極使用降脂藥物幫助糾正血脂紊亂，預防動脈粥樣硬化的發生。血漿置換用于C3治療可以起到一定效果，但僅為針對重癥患者，還可使用激素、免疫抑制劑治療，對部分C3腎小球腎炎也可起到一定效果。理論上依庫珠單抗可以用于治療C3腎小球腎炎，但由于價格昂貴，因此在臨床并未常規使用。