腦蛋白即腦蛋白水解物，其副作用主要是蛋白引起的相關免疫反應或過敏反應，會出現發熱、寒戰、過敏的癥狀，如皮疹或全身性斑丘疹、蕁麻疹等。對肝腎功能不全的患者，會加重肝腎功能的負擔，所以腦蛋白還有可能引起肝腎功能異常，部分癲癇疾病的患者也會造成大腦興奮性改變而誘發癲癇發作，所以患有癲癇病或肝腎功能不全的患者要注意腦蛋白的使用，容易誘發不良反應。孕婦也有可能誘發相應的不良反應，所以盡可能不要使用腦蛋白水解物，因為腦蛋白水解物主要成分為蛋白，容易出現過敏反應，還有可能會加重肝腎功能的負擔而加重癥狀。當然一般腦蛋白水解物副作用相對較小，沒有明顯的異常反應或毒副作用，所以相對安全。