多數男性尿道刺痛患者能夠自愈，男性尿道刺痛多是由于泌尿系感染引起，此類感染通常是常見的非特異性感染。如生活中常見細菌，包括糞球菌、鏈球菌、大腸桿菌等均會造成泌尿系感染，泌尿系感染會導致一系列癥狀，包括尿道刺痛，同時會合并有尿頻、尿急，甚至偶爾有血尿等癥狀。當患者出現由感染引起的上述癥狀時，通過抗菌藥物的治療可以改善，但即使不治療，可以多喝水，注意休息，自身免疫力和抵抗力可以發揮作用，使疾病逐漸好轉。只有極少數特殊性感染，如泌尿系結核等，不治療疾病會越來越嚴重。