菌群失調主要可能導致消化道相關的癥狀，包括腹瀉、便秘、腹脹、腹痛癥狀，都有可能存在。另外腸道菌群主要生長于腸道，引起癥狀主要與相關的腸道癥狀有一定關系，比如大便不成形、腹瀉、腹脹、便秘，都有可能常引起腸功能紊亂，或者排氣較多。診斷菌群失調需要化驗大便，一般要新鮮的大便，2個小時內排出來的新鮮大便在顯微鏡下做檢查。觀察菌群失調的表現，有無球菌、桿菌的減少，球桿比有無失調。干預菌群失調主要用益生菌，調節腸道菌群的藥物能幫助恢復菌群失調的表現，改善菌群的豐度，幫助治療腸道菌群的失調，有助于減輕腹脹、便秘相關的癥狀。所以菌群失調要通過大便化驗進行診斷，另外可以通過飲食作為藥物進行調整。生奶中經常也會添加益生菌，作為益生菌的制劑，都可以食用，都是可以用來改善菌群失調，起到改善菌群失調的作用。