正常情況下腸黏膜有很多益生菌，構成細菌屏障，幫助分解消化的食物。若出現腸道菌群失調，可能出現大便性狀改變，表現為腹痛、腹瀉甚至水樣便。還有人在腸道菌群失調時出現味道比較大，因為隨著益生菌減少，有害細菌增多，產生硫化氫、氨氣氣體，導致排出的氣體味道比較大。若腸道菌群失調，導致細菌屏障破壞，導致腸道菌群異味，導致感染。如嚴重腹痛、發熱，甚至累及全身感染表現。因此，腸道菌群移位可能不止表現為腸道癥狀，亦可累及全身。