神經官能癥最常見的藥物，主要包括抗抑郁焦慮、維生素類、改善睡眠的藥物，另外也可以用中藥，或中成藥物，還有對癥處理的藥物，進行臨床癥狀的改善。常見的谷維素、維生素類藥物，如維生素B1、維生素B12和谷維素。常見的抗抑郁焦慮藥物，如5-羥色胺受體拮抗劑、艾司西酞普蘭、去甲腎上腺素、度洛西汀等。特異性5-羥色胺再攝取抑制劑，如米氮平，這個藥初始使用時，可能部分患者比較難耐受，但一旦耐受后，可以改善食欲，對睡眠也有一定的幫助。5-羥色胺受體的拮抗劑和再攝取的抑制劑，如曲唑酮，對睡眠也有明顯的改善作用。患者合并睡眠不好，也可以運用佐匹克隆、右佐匹克隆、唑吡坦等藥物。一些對癥處理的藥物，如心慌可以用心得安，可以采用對癥處理的藥物。因此神經官能癥需要多種不同藥物的綜合治療，單單用一種藥物不能解決。