目前對于神經官能癥在臨床上現已診斷為焦慮狀態、焦慮癥或者抑郁癥，所以治療反方法是針對焦慮癥和抑郁癥的治療。現在臨床用的治療方法很多，比如SSRIs類抗焦慮藥或者抗抑郁藥，還有SNRIs類藥物，就是5-羥色胺受體再攝取抑制劑以及去甲腎上腺素。這兩類的藥物都是可以應用的，也能夠有效的治療焦慮和抑郁，改善因為神經官能癥或者焦慮癥和抑郁癥帶來的臨床癥狀。 除此之外，還有很多的中醫中藥的方法也可以應用，可以用一些疏肝解郁的藥物進行治療，也可以很好的治療抑郁癥，也可以輔助使用針灸等等方法。